Radovan Karadžić se teretio po dvije točke za genocid, po pet točki za zločine protiv čovječnosti i po četiri točke za kršenja zakona i običaja ratovanja koje su počinile srpske snage tijekom oružanog sukoba u Bosni i Hercegovini od 1992. do 1995. Pretresno vijeće III MKSJ-a je 24. ožujka 2016. proglasilo Karadžića krivim za genocid na području Srebrenice 1995. i za progon, istrebljivanje, ubojstvo, deportaciju, nehumana djela (prisilno premještanje), teroriziranje, protupravne napade na civile i uzimanje taoca.
Oslobođen je krivnje po optužbi za genocid u drugim općinama u BiH. Pretresno Vijeće je zaključilo da je Karadžić počinio te zločine putem sudjelovanja u četiri UZP-a: UZP-u s ciljem da se bh.
Muslimani i bh. Hrvati trajno uklone s područja u Bosni i Hercegovini na koja su bh. Srbi polagali pravo, i to činjenjem zločina u općinama širom BiH; u UZP-u čiji je cilj bio širenje terora među civilnim stanovništvom Sarajeva provođenjem kampanje snajperskog djelovanja i granatiranja civilnog stanovništva; u UZP-u sa zajedničkim ciljem da se pripadnici UN-a uzmu za taoce kako bi se NATO prisilio da se uzdrži od zračnih napada na vojne ciljeve bh. Srba, i u UZP-u eliminiranja bh. Muslimana iz Srebrenice u srpnju 1995.
Pretresno vijeće je Karadžiću izreklo kaznu od 40 godina zatvora. Nakon izricanja presude Pretresnog vijeća, i u skladu Prelaznim odredbama Mehanizma, Mehanizam je preuzeo nadležnost u žalbenom postupku u predmetu Tužitelj protiv Radovana Karadžića.
I Karadžić i Tužiteljstvo su se žalili na presudu Pretresnog vijeća i podnijeli najave žalbe 22. srpnja 2016., žalbene podneske 5. prosinca 2016., podneske respondenta 15. ožujka 2017., a replike na podneske respondenta 6. travnja 2017. Žalbeni pretres održan je 23. i 24. travnja 2018. u ogranku Mehanizma u Haagu.
Prvobitna optužnica protiv Karadžića potvrđena je 25. srpnja 1995. Uhićen je u Srbiji 21. srpnja 2008., i prebačen na MKSJ 30. srpnja 2008.
Suđenje je počelo 26. listopada 2009. i tijekom njega je Pretresno vijeće saslušalo svjedočenje 586 svjedoka u sudnici, priopćeno je iz Međunarodnog rezidualnog mehanizma za kaznene sudove.
